Od 1. aprila 1966. godine, Pokrajinski zavod za zaštitu prirode se brine o zaštiti i očuvanju prirode na prostoru Vojvodine , kao i o prirodnjačkim studisjkim zbirkama nasledenim od Poljoprivrednog arhiva. Pokrajinski zavod za zaštitu prirode prestao je sa radom 1993. godine kada je na teritoriji Srbije formiran jedinstveni Zavod za zaštitu prirode Srbije u čijem sastavu je Pokrajinski zavod funkcionisao kao radna jedinica u Novom Sadu.
Stvaranjem zakonske osnove u Zakonu o zaštiti prirode („Službeni glasnik RS“ br. 36/09), od RJ u Novom Sadu, osnovan je Odlukom Skupštine AP Vojvodine 16. februara 2010. godine, a sa radom zapoceo 1. aprila 2010. godine Pokrajinski zavod za zaštitu prirode.